公司章程和股东协议都很重要，但它们的作用不同。章程更偏公司对内对外的组织规则，股东协议更偏股东之间的合同安排。两者不一致时，纠纷往往会变得复杂。
例如章程规定股权转让按法定规则办理，股东协议又约定更严格的优先购买权或退出价格；章程没有限制法定代表人权限，股东协议却约定重大合同必须共同签字。这些冲突如果没有及时处理，后续执行会很麻烦。
比较稳妥的做法，是在签股东协议后同步修订章程，把涉及公司治理、表决机制、股权转让、利润分配、法定代表人权限等关键内容尽量保持一致。
如果已经发生冲突，要先判断争议发生在公司内部，还是涉及外部交易相对人。内部股东之间可以更多依据协议追责；涉及外部第三人时，还要考虑登记、公示和相对人信赖。